据统计，有可能用于制造生物恐怖的微生物（病毒）包括：
一、汉坦病毒、克里米亚刚果出血热病毒、利夫热山谷热病毒、埃博拉病毒、马尔堡热病毒、淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒、阿根廷出血热病毒、玻利维亚出血热病毒、拉沙热病毒、森林脑炎病毒、登革热病毒、黄热病病毒、鄂木斯克出血热病毒、日本脑炎病毒、西方马脑炎病毒、东方马脑炎病毒、基孔肯雅病毒、昂尼昂尼昂病毒、委内瑞拉马脑炎病毒、天花病毒、猴痘病毒流感病毒、艾滋病毒、胞疹病毒。
二、炭疽芽孢杆菌（炭疽）、土拉热弗朗西丝菌（土拉菌病）、布鲁氏菌（波浪热）、类鼻疽伯克氏菌（类鼻疽假单胞菌病）、伯克考克斯氏菌（ Q热）、鼻疽伯克氏菌（鼻疽）、伤寒沙门氏菌（伤寒）、志贺氏菌（痢疾）、五日热巴尔通氏体（战壕热）、立氏立克次氏体（斑点立克次氏体病）、鹦鹉热衣原体（鹦鹉热）、恙虫病东方体（恙虫热）、粗球孢子菌（球孢子菌病）、杜波组织胞浆菌（组织胞浆菌病）、弓形虫（弓形体病）、血吸虫（血吸虫病）、耶尔森氏菌（鼠疫）、普氏立克次氏体（斑疹伤寒）、霍乱弧菌（霍乱）、梅毒螺旋体（梅毒）。
人类的研究伴随人类基因组计划的顺利开展和实施，微生物基因组计划因其具备的诸多优势成为生命体基因组研究的重要分支。通过对微生物基因组的深入研究可以揭示微生物的遗传机制，发现重要的功能基因并且能在此基础上发展疫苗，开发新型抗病毒、抗细菌、真菌药物，将对有效的控制新老传染病的流行，促进医疗健康事业的发展产生巨大影响。
从分子水平上对微生物进行基因组研究，为探索微生物个体以及群体间作用的奥秘提供了新的线索和思路。为了充分开发微生物（特别是细菌）资源，1994年美国发起了微生物基因组研究计划（ M GP）。通过研究完整的基因组信息，获得开发和利用微生物重要功能基因的信息，不仅能够加深对微生物的致病机制、重要代谢和调控机制的认识，更能在此基础上发展一系列与我们的生活密切相关的基因工程产品，包括：接种用的疫苗、治疗用的新药以及诊断试剂和应用于工农业生产的各种酶制剂等等。 世界权威性杂志《科学》，曾将微生物基因组研究评为世界重大科学进展之一。目前几乎所有主要病毒科的代表株都已完成基因组测序工作，可能与生物恐怖相关的细菌包括鼠疫杆菌、斑疹伤寒和霍乱的病原生物已完成了全基因组测序工作，其他近200种微生物的基因组测序项目正在进展之中。
美国9·11类似的生物恐怖事件，给社会大众造成的心理阴霾长久挥之不去，进行积极的防御成为全世界人民共同的心声，微生物基因组的研究，则可为该目标的实现解决最根本性的问题。通过基因组的研究，从分子本质上发现和了解病原微生物的致病机制，发现高效的抗原组分基因、药物作用靶点等，并在此基础上有针对性的开发和发展更为有效的诊断和防治的方法，包括：快速诊断方法的建立、高效新型疫苗和新型药物的研制等，都在为积极有效地实施生物恐怖防御奠定坚实的基础。
目前我国的微生物基因组研究水平已经达到国际先进水平，先后有六种微生物的全基因组序列测定工作已经完成，包括：弗氏2 A志贺氏菌、腾冲嗜热菌、钩端螺旋体、表皮葡萄球菌、黄单胞菌以及我国维生素 C生产关键菌株 K V菌，占国际上已报道完成的全基因组测序项目的1／10。
目前已经发现的与病原微生物抗药或耐药相关的基因有近20种，其中绝大多数药物为临床一线用药。随着现代生物技术的飞速发展及其在微生物基因组研究领域中的大量应用，科学家们研制了许多对人民健康、生活和生产有益的基因工程产品，同时也偶然出现过产生对人类更具危害力的基因重组的烈性病原体的情况。因此，我们应该善用现代科学技术这把双刃剑，避免危害，更多造福，使微生物基因组研究在生物恐怖的防御计划中发挥应有的作用。
