生物安全工作的核心是危险度评估。可以借助许多方法来对某一个特定的操作程序或实验进行危险度评估，其中最重要的是专业判断。危险度评估应当由那些对所涉及的微生物特性、设备和规程、动物模型以及防护设备和设施最为熟悉的人员来进行。实验室主任或项目负责人应当负责确保进行充分和及时的危险度评估，同时也有责任与所在机构的安全委员会和生物安全工作人员密切合作，以确保有适当的设备和设施来进行相关的研究工作。危险度评估一旦进行，还应当考虑收集与危险程度相关的新资料以及来自科学文献的其他相关的新信息，以便必要时对危险度评估结果进行定期检查和修订。 

进行微生物危险度评估最有用的工具之一就是列出微生物的危险度等级（见第1 章）。然而对于一个特定的微生物来讲，在进行危险度评估时仅仅参考其危险度等级是远远不够的，适当时还应考虑其他一些因素，包括：
1、 微生物的致病性和感染数量
2、 暴露的潜在后果
3、 自然感染途径
4、 实验室操作所致的其他感染途径（非消化道途径、空气传播、食入）
5、 微生物在环境中的稳定性
6、 所操作微生物的浓度和浓缩标本的容量
7、 适宜宿主（人或动物）的存在
8、 从动物研究和实验室感染报告或临床报告中得到的信息
9、 计划进行的实验室操作（如超声处理、气溶胶化、离心等）
10、可能会扩大微生物的宿主范围或改变微生物对于已知有效治疗方案敏感性的所有基因技术（见第16 章）
11、当地是否能进行有效的预防或治疗干预。
根据危险度评估过程中所明确的上述信息，可以确定所计划开展的研究工作的生物安全水平级别，选择合适的个体防护装备，并结合其他安全措施制订标准操作规范（standard operating procedure，SOP），以确保在最安全的水平下来开展工作。
信息有限的标本
在获得足够的信息以后，就能很好地进行上述危险度评估工作。但是，也有在对相关信息了解较少时进行危险度评估的情况（如对于一些现场收集的临床标本或流行病学样品），这些情况下应当谨慎地采取一些较为保守的标本处理方法。
1、 只要标本取自病人，均应当遵循标准防护方法，并采用隔离防护措施（如手套、防护服、眼睛保护）。
2、基础防护——处理此类标本时最低需要二级生物安全水平。
3、标本的运送应当遵循国家和／或国际的规章和规定。

下列信息可能有助于确定处理这些标本的危险度：
1、病人的医学资料
2、流行病学资料（发病率和死亡率资料、可疑的传播途径、其他有关暴发的调查资料）
3、有关标本来源地的信息。
在暴发病因不明的疾病时，可能应由国家主管部门和∕或WHO 制订并在万维网上公布适当的专门指南［如2003 年发生严重急性呼吸综合征（Severe Acute Respiratory Syndrome，SARS） 时的情况］，指导标本应如何运输以及在标本分析时应按何种生物安全水平执行。
危险度评估与遗传修饰微生物
关于危险度评估以及遗传修饰生物体（genetically modified organisms，GMOs）的详细讨论见第16 章。