GB19489-2008与GB 19489-2004相比，主要变化如下：
─ 对标准要素的划分进行了调整，明确区分了技术要素和管理要素（2004年版的第6章至第20章，本版的第5章至第7章）；
─ 删除了2004年版的部分术语和定义（2004年版的2.2、2.3、2.8和2.11）；
─ 修订了2004年版的部分术语和定义（2004年版的2.1、2.4、2.6、2.7、2.9、2.10、2.12、2.13、2.14和2.15）；
─ 增加了新的术语和定义（本版的2.2、2.8、2.9、2.11、2.12、2.14、2.17、2.18和2.19）；
─ 删除了危害程度分级（2004年版的第3章）；
─ 修订和增加了风险评估和风险控制的要求（2004年版的第4章，本版的第3章）；
─ 修订了对实验室设计原则、设施和设备的部分要求（2004年版的第6章、第7章和9.3节，本版的第5章和第6章）；
─ 增加了对实验室设施自控系统的要求（本版的6.3.8）；
─ 增加了对从事无脊椎动物操作实验室设施的要求（本版的6.5.5）；
─ 增加了对管理的要求（本版的7.4、7.5、7.8、7.9、7.10、7.11、7.12和7.13）；
─ 删除了部分与GB 19781-2005《医学实验室 安全要求》重复的内容（2004年版的第3章、第12章、第13章、第14章、第15章和第17章）；
─ 增加了附录A、附录B和附录C。